Судя по ответам, которые я увидел, в Москве работать стоит в РосНано. От себя добавлю еще Газпром и Кремль.-)
То ли нет москвичей на форуме, то ли там все так плохо, что выбирают только по критерию з.п. Упоминался ряд компаний, но выраженных лидеров я не увидел.

В СПб повеселее шло обсуждение. Упоминалось много компаний, работать же народ не отказался в следующих конторах: JetBrains, Дойче Банк, SPB Software, TBricks, Devexperts.

Всем, кто отметился on-topic сообщением, большое спасибо. И всем удачи!