Здравствуйте, Flem1234, Вы писали:

F>Украина, Киев. На фирме ежедневно обрабатывается большое количество банковских платежей. Как нам, так и от нас. До нескольких сотен.

F>Есть ли клиент-банки у которых:

F>Можно делать проводку через программный API
F>Которые отдают id транзакции (а не что-то непонятное)
F>У которых есть программные модули для интеграции с нашими внутренними системами автоматизации. На .net
F>Которые не глючат сильно и для которых есть доки

По работе пришлось так или иначе столкнуться с довольно большим количеством систем клиент-банк (со стороны клиента)
на вскидку насчитал 6 различных систем 5 украинских банков.
Все системы которые я видел умели делать экспорт/импорт. Как правило что-то в этом экспорте импорте будет реализовано или откровенно криво или просто непонятно почему реализовано именно так.
(ИМХО 90% виденных мной клиент-банков реализованы в большей или меньшей степени ->(_._)-> Каждый разработчик норовит придумать свой интерфейсный велосипед, работа с ключами ЭЦП почти везде мягко говоря нетривиальна, особенно для пользователей бухгалтеров, которые по-идее должны создавать свои ключи самостоятельно без ИТ специалиста... )

По сути вашего вопроса — читал про функциональность, похожую на ту, которая вам требуется только для одной системы — iBank2 UA от BIFIT. Сразу предупреждаю — я этой функциональностью не пользовался, только читал о ней в документации.
iBank2 используется несколькими банками, например — Укрсоцбанком. Вот описание требуемого вам модуля, внизу страницы ссылка на документацию. Список клиентов БИФИТ Украина.
Система написана на Java, есть вариант веб-банкинга и PC банкинга.

Еще добавлю, что банки иногда меняют свое ПО, и новое совсем не обязательно будет поддерживать функциональность старого...