Ну, предположение номер раз. Уровень зарплат определяется запросами персонала. Т.е. в Москве он (запрос) просто выше. Иначе будешь не жить, а выживать.

И второе, в крупных городах больше рынок труда. Т.е. больше возможности для конторы найти квалифицированный персонал, т.е. эффективнее работать.