Здравствуйте, lpd, Вы писали:

lpd>Они так действительно собираются в ходовых конфигурациях, но только если версии библиотек дистрибутива те же, что нужны пакету. И чтобы это работало стабильно, нужны большие усилия авторов проектов для написания конфигов autoconf и разруливания всевозможных вариантов опций и зависимостей. Все библиотеки при этом устанавливаются вручную, разумеется.

Почему "разумеется"?
Это у тебя такие представления?

Я рядом ответил с примерами:
http://www.rsdn.org/forum/flame.comp/8066019.1

make configure при использовании в проекте CMake может вызывать его.

Т.е. make configure — это просто проявление вежливости, следование принципу наименьшего удивления и не более того.