Нашёл интересную статью про генетику, может интересно кому будет. Рассказывается про ДНК в контексте аналогий с программированием.
Находится здесь. Это не шутка. Исходники можно просмотреть с использованием замечательного набора скриптов Perl под названием "Ensembl". Геном человека занимает приблизительно 3 гигабайта, которые можно сократить до 750 мегабайт, если отбросить шелуху. Немного печалит, что это всего лишь 2.8 браузеров Mozilla Firefox.
ДНК похожа скорее не на исходники на языке C, а на байт-код для виртуальной машины под названием «ядро клетки». Крайне сомнительно, что существуют исходники, которые можно скомпилировать в этот байт-код: то, что мы видим, – это всё, что у нас есть.
ДНК Язык ДНК является цифровым, но не двоичным. Двоичный код использует 0 и 1 (поэтому его и называют бинарным), ДНК же использует 4 значения: T, C, G и A.
В то время как двоичный байт состоит в основном из 8 двоичных цифр, ДНК-«байт» (именуемый кодо́ном) содержит 3 символа. И так как каждый символ может иметь одно из четырёх значений, кодон ДНК имеет 64 возможных значения, в отличии от 256 значений двоичного байта.
Здравствуйте, Kernan, Вы писали:
K>Нашёл интересную статью про генетику, может интересно кому будет. Рассказывается про ДНК в контексте аналогий с программированием. K>
Геном человека занимает приблизительно 3 гигабайта, которые можно сократить до 750 мегабайт, если отбросить шелуху.
То есть, геном разобран исследован на столько, что точно известно что есть "шелуха"?
Уже есть искусственно собранные люди экземпляры без "шелухи" ничем не отличимые от нас?
Здравствуйте, Kernan, Вы писали:
K>ДНК Язык ДНК является цифровым, но не двоичным. Двоичный код использует 0 и 1 (поэтому его и называют бинарным), ДНК же использует 4 значения: T, C, G и A. K>В то время как двоичный байт состоит в основном из 8 двоичных цифр,
Мне очень хочется узнать — если двоичный байт состоит из 8 двоичных цифр только в основном, из чего он еще состоит ?
>ДНК-«байт» (именуемый кодо́ном) содержит 3 символа. И так как каждый символ может иметь одно из четырёх значений, кодон ДНК имеет 64 возможных значения, в отличии от 256 значений двоичного байта.
Здравствуйте, Pavel Dvorkin!
K>>В то время как двоичный байт состоит в основном из 8 двоичных цифр
PD>Мне очень хочется узнать -- если двоичный байт состоит из 8 двоичных цифр только в основном, из чего он еще состоит?
Не "(в основном) (из 8 двоичных цифр)", а "(в основном из 8) (двоичных цифр)".
"byte-sizes from 1 to 48 bits are known to have been used in the past" https://en.m.wikipedia.org/wiki/Byte
>>ДНК-«байт» (именуемый кодо́ном) содержит 3 символа. И так как каждый символ может иметь одно из четырёх значений, кодон ДНК имеет 64 возможных значения, в отличии от 256 значений двоичного байта.
PD>Ну, значит, по 4 кодона на байт. Байты больше!
Геном это жуткий говнокод. Старый как говно мамонта. Писался миллионами людей методом рандомных правок в течении миллиардов лет. Ни одного рефакторинга за всё это время. Иногда вирусы портили исходники то там то тут, так эти правки и сохранялись (jumping genes).
Здравствуйте, SuhanovSergey, Вы писали:
SS>Геном это жуткий говнокод. Старый как говно мамонта. Писался миллионами людей методом рандомных правок в течении миллиардов лет. Ни одного рефакторинга за всё это время. Иногда вирусы портили исходники то там то тут, так эти правки и сохранялись (jumping genes).
Вот, кстати, интересно, возможно ли отрефакторить код, убать коментарии и устаревшие фичи? Приведёт ли это к проблемам в эволюции в дальнейшем, например, к повышению усточивости клетки к УФ.
Здравствуйте, Stanislaw K, Вы писали:
SK>То есть, геном разобран исследован на столько, что точно известно что есть "шелуха"?
Есть "молчащие" участки. Наиболее важные гены представлены в десятках экземплярах. Ну и не забываем о перегруженности генома: один и тот же фрагмент ДНК может входить в разные гены. Как со сдвигом, так и без.
SK>Уже есть искусственно собранные люди экземпляры без "шелухи" ничем не отличимые от нас?
Для начала надо определить, что такое "шелуха".
«Национализм во мне столь естественный, что никогда никаким интернационалистам его из меня не вытравить»
Менделеев Д. И.
Здравствуйте, Kernan, Вы писали:
K>Вот, кстати, интересно, возможно ли отрефакторить код, убать коментарии и устаревшие фичи? Приведёт ли это к проблемам в эволюции в дальнейшем, например, к повышению усточивости клетки к УФ.
Геном это скорее не программа, это катализатор организованный, как стейт-машина. А эволюция его правит, по сути, добавляя заплатки, на заплатки. Не добавляет новые функции, а уменьшает значимость багов.
Здравствуйте, Nikе, Вы писали:
N>Геном это скорее не программа, это катализатор организованный, как стейт-машина. А эволюция его правит, по сути, добавляя заплатки, на заплатки. Не добавляет новые функции, а уменьшает значимость багов.
Катализатор — РНК-полимераза. Геном — чистый код. А вот читаться он может по-разному. (Код рибосом отличается от клеточного).
И как бы геном не латался — всегда остаются ошибки. Они накапливаются и появляется новый белок, новый признак. А дальше отбор определяет будет это эволюция или тупик.
«Национализм во мне столь естественный, что никогда никаким интернационалистам его из меня не вытравить»
Менделеев Д. И.
Здравствуйте, biochemist, Вы писали:
SK>>То есть, геном разобран исследован на столько, что точно известно что есть "шелуха"? B>Есть "молчащие" участки.
Это, господь бог лично рассказал исследователям? Вот до чего доводит ученых бесконтрольный доступ к наркотикам.
B>Наиболее важные гены представлены в десятках экземплярах.
И чо?
А как установлено что вот этот ген важный, этот второстепенный, а этот "шелуха"? Это однозначно установлено? А как установлено что достаточно одного экземпляра? Это однозначно установлено?
B>Ну и не забываем о перегруженности генома: один и тот же фрагмент ДНК может входить в разные гены. Как со сдвигом, так и без.
И чо? Установлено точно, где именно и в какой ген должен входить некий фрагмент, а иные фрагменты "шелуха"? Однозначно установлено?
SK>>Уже есть искусственно собранные люди экземпляры без "шелухи" ничем не отличимые от нас? B>Для начала надо определить, что такое "шелуха".
Но, ведь, я именно это и спрашивал, хотя немного другими словами.
Здравствуйте, biochemist, Вы писали:
B>И как бы геном не латался — всегда остаются ошибки.
Опятьдвадцатьпять!
Какие ошибки? Кто решил что это ошибки? По каким критериям? Цвет кожи не тот? Форма свода черепа не достаточно арийская получается? Или все проще и у ученых неконтролируемый доступ к веществам доступ к оригинальной документации, нотариально заверенной господом богом?
Здравствуйте, Stanislaw K, Вы писали:
B>>Есть "молчащие" участки.
SK>Это, господь бог лично рассказал исследователям? Вот до чего доводит ученых бесконтрольный доступ к наркотикам.
По вумному — не транскрибируемые участки. Это может быть праймер или другой регуляторный элемент. А есть просто достаточно большие фрагменты, транскрипция которых не происходит.
SK>И чо? SK>А как установлено что вот этот ген важный, этот второстепенный, а этот "шелуха"? Это однозначно установлено? А как установлено что достаточно одного экземпляра? Это однозначно установлено?
Центральный путь метаболизма — гликолиз. Все участвующие в этом процессе ферменты кодируются во множественном количестве. А вот LAC оперон, отвечающий за синтез белков перерабатывающих лактозу — в одном экземпляре.
SK>И чо? Установлено точно, где именно и в какой ген должен входить некий фрагмент, а иные фрагменты "шелуха"? Однозначно установлено?
Ты наверное хотел сказать "фрагмент в ген". Но я с тобой согласен — копирование и обслуживание генома слишком энергозатратно, что бы поддерживать "шелуху". Просто, значение некоторых участков неизвестно.
«Национализм во мне столь естественный, что никогда никаким интернационалистам его из меня не вытравить»
Менделеев Д. И.
Здравствуйте, Stanislaw K, Вы писали:
SK>Опятьдвадцатьпять!
SK>Какие ошибки? Кто решил что это ошибки? По каким критериям? Цвет кожи не тот? Форма свода черепа не достаточно арийская получается? Или все проще и у ученых неконтролируемый доступ к веществам доступ к оригинальной документации, нотариально заверенной господом богом?
Например: при копировании файла кое-где иногда происходит замена 0 на 1 или 1 на 0. Для отлова и исправления такого придумали проверку на чётность, контрольные суммы,... Но проверка на чётность не поможет если произошёл сбой в 2-х битах. Имеем ошибку. Так и тут: все процессы (репликация, транскрипция, трансляция, репарация) идут с ошибками. Вместо нужного нуклеотида или аминокислоты включается другой. Ошибок мало, но это даёт материал для отбора.
«Национализм во мне столь естественный, что никогда никаким интернационалистам его из меня не вытравить»
Менделеев Д. И.
SK>>Какие ошибки? Кто решил что это ошибки? По каким критериям? Цвет кожи не тот? Форма свода черепа не достаточно арийская получается? Или все проще и у ученых неконтролируемый доступ к веществам доступ к оригинальной документации, нотариально заверенной господом богом? B>Например: при копировании файла кое-где иногда происходит замена 0 на 1 или 1 на 0. Для отлова и исправления такого придумали проверку на чётность, контрольные суммы,... Но проверка на чётность не поможет если произошёл сбой в 2-х битах. Имеем ошибку. Так и тут: все процессы (репликация, транскрипция, трансляция, репарация) идут с ошибками. Вместо нужного нуклеотида или аминокислоты включается другой. Ошибок мало, но это даёт материал для отбора.
Я правильно понимаю что под ошибкой ты понимаешь некое отклонение от некоего эталона?
Спрошу иначе — кто тебе сказал что это изменение является ошибкой, что это плохая мутация, что это неудачная веточка эволюционного древа?
Может быть наоборот, единственно верная и необходимая для выживания?
Может быть это изменение не даст ощутимого результата в этом поколении, но в сочетании с тремя последующими мутациями (невозможными впрочем без этой предварительной "ошибки") даст человеку (через три поколения соответственно) возможность (гипотетически) непосредственно левитировать в гравитационном поле силой мысли, без помощи техники.
Или только так "нажал на кнопку и тут же получил результат"?
Здравствуйте, Stanislaw K, Вы писали:
SK> Геном человека занимает приблизительно 3 гигабайта, которые можно сократить до 750 мегабайт, если отбросить шелуху. SK>То есть, геном разобран исследован на столько, что точно известно что есть "шелуха"?
Там имелось в виду, что достаточно 2 бит на базу вместо 8. Т.е. в 4 раза можно сжать, если просто упаковать биты.
А из всего этого только порядка 50 мегабайт имеют значимость. Остальное — мусор.
Здравствуйте, Stanislaw K, Вы писали:
SK>Я правильно понимаю что под ошибкой ты понимаешь некое отклонение от некоего эталона?
Я правильно понимаю, что замену некоторых байтов при копировании файлы ты не считаешь ошибкой?
SK>Спрошу иначе — кто тебе сказал что это изменение является ошибкой, что это плохая мутация, что это неудачная веточка эволюционного древа?
Опять 25! В который раз говорю — даёт материал для отбора.
SK>Может быть наоборот, единственно верная и необходимая для выживания?
Если бы существовала единственная — не было бы такого разнообразия видов.
SK>Может быть это изменение не даст ощутимого результата в этом поколении, но в сочетании с тремя последующими мутациями (невозможными впрочем без этой предварительной "ошибки") даст человеку (через три поколения соответственно) возможность (гипотетически) непосредственно левитировать в гравитационном поле силой мысли, без помощи техники.
Через поколения — это мгновенно.
Возьмём кукурузу. Она появилась из дикорастущего предка всего за 100 лет. (6 мутаций). Это является основанием для кучи конспирологических теорий — инопланетяне, высший разум, развитая ныне захиревшая цивилизация,...
SK>Или только так "нажал на кнопку и тут же получил результат"?
Не имеет значения, даёт мутация преимущество организму (вернее — особи). Важно — насколько это закрепится в популяции.
«Национализм во мне столь естественный, что никогда никаким интернационалистам его из меня не вытравить»
Менделеев Д. И.
Здравствуйте, biochemist, Вы писали:
SK>>Я правильно понимаю что под ошибкой ты понимаешь некое отклонение от некоего эталона? B>Я правильно понимаю, что замену некоторых байтов при копировании файлы ты не считаешь ошибкой?
При сравнении с оригинальным исходным файлом, эталоном? А уже есть эталон генома человека?
B>Если бы существовала единственная — не было бы такого разнообразия видов.
Тогда откуда критерии "ошибок"?
SK>>Может быть это изменение не даст ощутимого результата в этом поколении, но в сочетании с тремя последующими мутациями (невозможными впрочем без этой предварительной "ошибки") даст человеку (через три поколения соответственно) возможность (гипотетически) непосредственно левитировать в гравитационном поле силой мысли, без помощи техники. B>Через поколения — это мгновенно. B>Возьмём кукурузу. Она появилась из дикорастущего предка всего за 100 лет. (6 мутаций). Это является основанием для кучи конспирологических теорий — инопланетяне, высший разум, развитая ныне захиревшая цивилизация,...
Кукуруза однолетник же — 6 мутаций в нижнем пределе могут пройти за 6 лет. Чем генетики занимались еще 94 года? Бурбон ведрами хлебали?
SK>>Или только так "нажал на кнопку и тут же получил результат"? B>Не имеет значения, даёт мутация преимущество организму (вернее — особи). Важно — насколько это закрепится в популяции.
Ну, пусть 0.7% популяции будет обладать способностью к левитации. Это по прежнему "ошибка"? "Шелуха"?
Здравствуйте, SuhanovSergey, Вы писали:
SS>Геном это жуткий говнокод. Старый как говно мамонта. Писался миллионами людей методом рандомных правок в течении миллиардов лет. Ни одного рефакторинга за всё это время. Иногда вирусы портили исходники то там то тут, так эти правки и сохранялись (jumping genes).
И тем не менее он работает, причём охрененно надёжно.
Сомневаюсь, что хоть какой-то програмистский код выдержит хотя бы миллион лет активной доработки. Хоть с рефакторингом, хоть с какими угодно другими страшными словами.
