А>Т.о. в векторе vec2 находится 3 элемента структуры MyStruct2. Но, в каждом из этих элементов длина вектора vec1 разная; 1, 2 и 3.
А>Получается, что длина элементов контейнера vec2 — разная! Правильно ли это? Если нет, то как сделать правильно?
А>Спасибо за помощь

Все нормально. Вектор держит данные не в "себе", а в некоторой памяти, которую сам выделяет. Так что размер инстанса класса vector не зависит от количества элементов в нет.