libstdc++ – является частью GCC. Старая, т.к. GCC на Mac OS X давно не поддерживатся Apple. Хотя, ты мог поставить его из портов, тогда данная библиотека вполне может быть новой.
libc++ – часть Clang. Новая, поддерживается Apple.

Если твой проект использует C++11, то ты должен линковаться с libc++, если нет, то можешь линковаться либо с libstdc++ либо с libc++. Но, ты в любом случае не должен линковаться с двумя библиотеками одновременно, так как два разных рантайма до добра никогда не доводили.