vsb>Выходит следующая схема: в микроконтроллере программируют код по переводу последовательности байтов в этот квази-стандартный протокол, который потом через USB отправляется на целевой компьютер. В целевом компьютере эти байты дешифровываются и ими пользуются.

Ну не совсем, где то может и делают так, но на то, чтобы полноценный usb потянуть, у слабых микроконтроллеров силёнок маловато. Я чаще видел спецчип usb uart bridge типа ft232 или cp2102.
Таким образом получается слабый МК, который usb ну никак сам не осилит, но при этом удобно к компу подключать, да и драйверы стандартные.

vsb>Выходит следующая схема: в микроконтроллере программируют код по переводу последовательности байтов в этот квази-стандартный протокол, который потом через USB отправляется на целевой компьютер. В целевом компьютере эти байты дешифровываются и ими пользуются.

Ну не совсем, где то может и делают так, но на то, чтобы полноценный usb потянуть, у слабых микроконтроллеров силёнок маловато. Я чаще видел спецчип usb uart bridge типа ft232 или cp2102.
Таким образом получается слабый МК, который usb ну никак сам не осилит, но при этом удобно к компу подключать, да и драйверы стандартные.
Да и сразу в МК такой чип тоже имеет смысл встроить, удобно же.