Q> с помощью поставляемого через SDK компилятора C# ты компилируешь компилятор C# из исходников, потом этим самостоятельно собранным компилятором C# ты компилируешь весь дотнет включая опять же компилятор C#.

Это ничего не гарантирует. В исходном бинарнике компилятора может быть зловред, он будет попадать во все следующие собираемые компиляторы, и бинарно всё будет совпадать.

Q> с помощью поставляемого через SDK компилятора C# ты компилируешь компилятор C# из исходников, потом этим самостоятельно собранным компилятором C# ты компилируешь весь дотнет включая опять же компилятор C#.

Это ничего не гарантирует. В исходном бинарнике компилятора может быть зловред, он будет попадать во все следующие собираемые компиляторы, и бинарно всё будет совпадать.

То есть недостататочно побайтового сравнения результата компиляции. Требуется полный анализ бинарного кода.