не все равно.
будет один IBase. это усложняет работу с поиском нужного метода, появляются доп смещения.
в общем, насколько понимаю, такие вызовы дороже обходятся (но это не точно)
ну и сама компиляция усложняется. деталей не помню но при виртуальном наследовании где-то идет комбинаторный взрыв и память расходуется в больших объемах.
по крайней мере раньше что-то вроде:
[ccode]
template<int N>
struct IBase : virtual IBase<N-1>, virtual IBase<N-2> {
};

template<>
struct IBase<0> {
    virtual ~IBase() {}
};
template<>
struct IBase<1> : virtual IBase<0> {
};