G>Поскольку глобально проблема не решается и ответов от Гугла мы так и не дождались, пробую тест.

А такое решение поможет?

Регистрируется домен только для экзешников. Защищается от сканирования ботов.

Ссылка дается на страницу со скриптом, какой анализирует не бот ли это качает (есть движение мышки, IP адрес, реферер и другие подобные вещи).
В случае, если скрипт обнаруживает бота, дает ссылку на зазипованный файл с паролем или предложение оставить свой емейл для продолжения скачивания.
Если это человек, если это не хром, то отдает ему нормальную ссылку на exe.

Должно помочь, если гугл вешает красную таблицу на весь сайт.

G>Поскольку глобально проблема не решается и ответов от Гугла мы так и не дождались, пробую тест.

А такое решение поможет?

Регистрируется домен только для экзешников. Защищается от сканирования ботов.

Ссылка дается на страницу со скриптом, какой анализирует не бот ли это качает (есть движение мышки, IP адрес, реферер и другие подобные вещи).
В случае, если скрипт обнаруживает бота, дает ссылку на зазипованный файл с паролем или предложение оставить свой емейл для продолжения скачивания.
Если это человек, если это не хром, то отдает ему нормальную ссылку на exe.

Должно помочь, если гугл вешает красную таблицу на весь сайт.

Хотя, наверное идеальным решением может быть двухфазный инсталлер:

В первой фазе качается загрузчик и проверяется хромом. Антивирус хрома проверяет файл и пропускает его на запуск пользователю. Можно сделать даже отложенный запуск через создание копии и запуск через пару секунд,
чтобы отработало исполнение файла и хром перестал проверять файл, считая, что запуск прошел успешно.

После запуска скачивается основной файл. Для надежность с другого домена вообще. В итоге исходный домен защищен от террора гугла, майкрософта и недоантивирусов, кто стучит в браузер при запуске.