Здравствуйте, MadHuman, Вы писали:

MH>Это точно не выгрузка домена. Хостом является IIS
С этого и надо было начинать

См эту ссылку
https://haacked.com/archive/2011/10/16/the-dangers-of-implementing-recurring-background-tasks-in-asp-net.aspx/

Навешиваем логгинг на unhandled exception & domain unload events, если ничего не найдено — проверяем стэк, возможно исключение всё-таки апи выбросило.
Нет — см предыдущий совет про ilspy и thread.Abort().
Как вариант, можно поймать через etw trace, но надо мануалы искать.
https://blogs.msdn.microsoft.com/tess/2008/11/06/troubleshooting-appdomain-restarts-and-other-issues-with-etw-tracing/ для начала.

Здравствуйте, MadHuman, Вы писали:

MH>Это точно не выгрузка домена. Хостом является IIS
С этого и надо было начинать

См эту ссылку
https://haacked.com/archive/2011/10/16/the-dangers-of-implementing-recurring-background-tasks-in-asp-net.aspx/

Навешиваем логгинг на unhandled exception & domain unload events, если ничего не найдено — проверяем стэк, возможно исключение всё-таки апи выбросило.
Нет — см предыдущий совет про ilspy и thread.Abort().
Как вариант, можно поймать через etw trace, но надо мануалы искать.
https://blogs.msdn.microsoft.com/tess/2008/11/06/troubleshooting-appdomain-restarts-and-other-issues-with-etw-tracing/ для начала.

UPD, да, в аппуле IIS других приложений нет случаем?