Только что заметил очередную напасть.
Решил выкладывать дистрибутив в виде EXE вместо ZIP,
проверил как скачивается мой EXE в IE9:

Сообщение:

SmartScreen Filter

This program might harm your computer.

Smart Screen Filter has little or no information about this program.

Running this program might harm your computer.

Name: <My Program Name>
Publisher: <My Publisher Name>

- Don't run this program
- Delete program
- Run anyway

Самое забавное, что "все анализы сданы" — и инсталлятор и все файлы программы подписаны Code-Sign сертификатом со всеми делами.
Если оставить в ZIP то выдается обычное окошко "Файлы из интернета могут быть полезны, но этот тип файла может повредить компьютер":

Открыть файл - предупреждение системы безопасности
Запустить этот файл?
Имя: <My Program Name>
Издатель: <My Publisher Name>
Тип: приложение
Из: tmp

Файлы из интернета могут быть полезны, но этот тип файла может повредить компьютер
Запускайте только программы полученные от доверенного издателя. Факторы риска.

Как кто борется?