Вот старая, но не потерявшая актуальности статья, где описано, как это сделать:
http://www.pocketpcdn.com/articles/close_app.html
В ней перехватывают нажатие на кнопку X, но с тем же успехом ты перехватишь нажатия в любой точке таскбара. Правда, не знаю, можно ли это сделать из дотнета.