PD>Можно создать не одну, а 4 или 5 виртуальных групп, каждая по своему курсу. В этом даже какая-то логика есть — студенты, вышедшие из общего процесса на таком-то курсе. Если кто-то из них вернется даже через несколько лет — вся информация на месте. Вышел из общего процесса на 3 курсе, туда и надо вернуть. Так сказать, заморозка участия на неопределенный срок.

Почему бы и нет — по одной виртуальной группе на каждый курс каждого факультета.

Кстати вариант с таблицами отношений (student-group, group-faculty) мне кажется более гибким, т.к. позволяет при необходимости поместить студента в несколько групп.
Но виртуальные группы там тоже будут нужны для связи студента без группы и факультета.