Спасибо, но я уже разобрался.

Дейсвительно дело в том что exe-шник и dll-лина линковались разными в версиями стандартной библиотеки. Т.е. у DLL при компидяции был указан флаг /MDd, соответственно использовалась MSVCRTD.LIB. А у EXE был указан /MTd — LIBCMTD.LIB.