Можно ли при помощи Microsoft Certificate Services и CAPICOM организовать выдачу сертификатов (в виде pfx-файлов с закрытым ключом) через Web ? ....

Т.е., грубо говоря, работать это должно так:
на моем сайте пользователь нажимает на кнопку "получить сертификат" и получает pfx-файл, который и будет потом использовать ...