Здравствуйте, Martynova, Вы писали:

M>А теперь суть самой задачи: мне нужно, сидя в Windows, получать от пользователя строку, передавать ее в мою виртуальную машину, чтобы она там обрабатывалась в моем приложении и ответ передавался обратно пользователю в Windows.

Просто по SSH зайти и запустить что нужно. Хоть консольное приложение, хоть сами Linux команды. Из SSH клиентов под Win хороши PuTTY, Tunnelier