Здравствуйте, Juuunior, Вы писали:

J>Коллеги!

J>Наблюдаю странную картину.

J>Выпустили стабильную версию программы.

J>Сейчас вышла более новая версия. Собираю инсталяху, накатываю поверх установленной предыдущей и... файлы не заменяются

J>Так же, если после такого обновления удалить программу, то все файлы и ярлыки остаются на месте, а из Установка-Удаление программа пропадает. В чем может быть проблема. Пытался и Major апдейт настроить — ничего не помогает.

J>InstallShield 2009 использую.

J>Кто-нибудь сталкивался с подобным?

Если Виста, см %UserProfile%\AppData\Local\VirtualStore\Program Files\

и попробуй поставить администратором