А если попробовать этот алгоритм шифрования немного изменить? Судя по всему в результате шифрования случайно образовалась последовательность байт, опознаваемая антивирусом как сигнатура пресловутого трояна. Если чуть-чуть изменить код зашифрованной сборки или поменять алгоритм шифрования, эффект почти наверняка исчезнет.
