насколько я понимаю проблема не в DLL а именно в COM/DLL..
если бы другая прога (Office) грузила твою DLL обычным образом то ресурсы из DLL выглядели бы
как в основной программе...

лечится это так...
в DLL в stdafx.h
#define ISOLATION_AWARE_ENABLED 1 (до всех инклудов)

в ресурсах

2 RT_MANIFEST "res\\<your manifest>.manifest"


для двойки есть свой константа но она определена только для больших WINVER

(в exe вместо 2 1)


"...Услышал от умных людей, что можно перекомпилировать MFC с флагом ISOLATION_AWARE_ENABLED,
и далее использовать этот "Custom Build" MFC (как статическую библиотеку)..."

это ты от глупых людей слышал )