Тут скорее вопрос не теории, а практики.
А практика показывает, что обойтись одиним API достаточно сложно. Неизбежно придется самому создавать библиотеку классов, шаблонов подобную MFC, ATL и др. Это особенно актуально, если программе необходим GUI.
Недостатков у MFC полно. Тот же CString весьма далек от совершенства, множественное наследование от CObject не возможно и т.д. Но зато работая с Visual Studio очень удобно пользуясь ClassWizardo-ом создавать диалоги, обрабатывать события от элементов управления, есть wrapper классы почти для всех стандартных Windows controls. Можно быстро накидать простой интерфейс в стиле Windows Explorer-а. А вот для MMC snapin-а уже ATL нужен, хотя скорее всего все равно придется переделывать быблиотечные шаблоны под себя.