Здравствуйте, Blabla, Вы писали:

B>Что за хрень?
B>Кто нибудь может это объяснить?
B>И можно от этого как-нибудь избавиться?

Попробуй переписать InitInstance() вот так:

BOOL CMainApp::InitInstance()
{
    pDlg = new CMyDlg(); // Класс диалога, созданного мастером
    m_pMainWnd = pDlg;
    pDlg->Create(CMyDlg::IDD);
    return TRUE;
}

// И еще в основном диалоге
void CMyDlg::PostNcDestroy()
{
    AfxGetApp()->m_pMainWnd = NULL;
    AfxGetApp()->PostThreadMessage(WM_QUIT, 0, 0);
    delete this;
}

Просто когда основной диалог открывается модально (как по умолчанию делает мастер), не работает CWinApp::OnIdle.