Стандартный AVI Mux довольно капризен по отношению к звуку. Придется или его ублажать, или поискать ему замену. Я в итоге от него отказался и пользуюсь собственным фильтром для записи AVI.

Насколько я помню, в заголовках AVI можно указать, что звук сдвинут относительно видео, но AVI Mux так не умеет. Длительность видео и звука для него тоже должны совпадать.