Используем систему JIRA (www.atlassian.com) — (Tomcat+любая распространенная СУБД). Очень мощная и гибкая система. Только веб интерфейс, хотя очень удобный. Есть русский язык. Платная, поставляется в открытых исходных кодах. Есть полнофункциональный trial, который разворачивается за пару минут (с embedded бд). Советую попробовать.
Существует плагин для используемой нами Subversion. Интеграции с MS Project нет.