Здравствуйте, MerZoD, Вы писали:

MZD>Есть 3 таблицы: customer(id, name), settings(id, name, value) связаны между собой через customer_settings(customer_id, setting_id)
MZD>Есть 2 класса: Customer, Setting мапяься к одноименным таблицам.
MZD>Хочу чтобы кастомер имел мапу настоек (Customer.getSettings().get("setting1").getValue();), но чего-то не могу смапить. Если Set — идет на ура:

У тебя связь many-to-many, а ты ее объявляешь как one-to-many.
Сейчас еще раз просмотрел Reference Documentation по хибернейту, в ней map упоминается только в связях типа one-to-many. Но если делать по аналогии, должна помочь аннотация что-то вроде @MapKeyColumn(name="propertyName")
Посмотри раздел "7.2.2.2. Maps"