Здравствуйте, tipoc, Вы писали:

T>Я просто строю модель заново (в методе rebuildRoot()). Т.е. юзер находится например на 1 странице — я построил модель со 100 узлами, юзер перешел на 2 страницу — построил модель с другими 100 узлами и т.д.
T>Конкретно, изменение модели идет через метод setRoot. Моя цель — использовать одни и те же объекты JTree и DefaultTreeModel.
T>Описанные вами методы я не использую.

По приведённому коду, осталось только одно предположение — не возвращает ли rebuildRoot() во второй раз тоже самое, что и в первый?