Y>Так вот вопрос — не будут ли смешиваться логи разных пользователей?
MDC работает на уровне потоков. Так что если запросы будут обрабатываться в разных потоках — смеси не будет. Ну а если в одном — думаю будет. Вот как это контролировать — не знаю.

Еще интересно (ну это уже другая тема) так как это stateless-bean то вполне возможно что строка

 private static final Logger logger = Logger.getLogger(TestFacadeBean.class);

будет выполняться при каждом вызове через локальный интерфейс (так как EJB контейнер не гарантирует сохранение инстанса stateless-бинов между двумя вызовами!)