MI>Возникла аналогичная потребность .... хотелось бы узнать нашлось решение этой проблеммы? ...

Необходимо явно задавать ContentType, т.к. при использовании Navigate, IE определяет его по разрешению.

Например, если вы используете PlugProtocol, в реализацию метода Start() необходимо добавить строчку вида:

protSink.ReportProgress(BINDSTATUS.BINDSTATUS_MIMETYPEAVAILABLE, "message/rfc822");

Значения Content Type можно найти в реестре HKEY_CLASSES_ROOT/.mht/Content Type
или использовать функцию FindMimeFromData из urlmon.dll