S>Такой вопрос. Почему все-таки для нас удобнее чтобы файлы были представлены в виде дерева? Один файл в одном месте иерархи.

Надо будет как-нибудь причесать внутрикорпоративный "билль о системах", и выложить в виде блог-поста. Суть этого билля в том, что существует только 3 фундаментальные структуры:
1. Иерархическое дерево/файловая система.
2. Система контроля версий.
3. Реляционная БД.

Все многообразие "гениальных идей", которыми пышут подавляющее большинство архитекторов, так или иначе сводится к одной из этих трех.