отсюда

"В 14 часов 10 минут [19 августа] включились двигатели, которые должны были скорректировать и вывести аппарат на предпосадочную орбиту. К сожалению, отключение двигателя произошло не штатно, в соответствии с циклограммой, а по временной отсечке, и вместо запланированных 84 секунд он отработал 127 секунд. Это и явилось основной причиной аварии аппарата", - сказал Борисов.

По словам главы Роскосмоса, перед загрузкой на борт аппарата полетное задание по коррекции орбиты неоднократно моделировалось на наземном стенде.

Судя по описанию, это ошибка программистов: двигатель отключился по команде, но команда была "страховочная".
И ещё это похоже на проблемы в организации процесса тестирования.