Что-то здесь не так. Если

Z>в базе FK есть и модель создана по этой базе

то зачем добавлять ассоциацию вручную ?

Z>я тоже сначала подумал что я что-то не так сделал добавляя ассоциацию.

плюс это:

Z>Добавил в базу FK и создал модель заново. Ничего не поменялось.

В общем не хватает полной истории событий, а также CSDL/SSDL/MSDL

Вкратце — скорее всего нужно найти и удалить маппинг колонки parentid на скалярное свойство parentid. Плюс само свойство parentid.