Z>Подсажите плз. EF не поддерживает древовидность?

Поддерживает.

Z>у меня в базе есть связи типа id->parentid. Модель создалась, но не компилируется.
Z>грит
Z>Error 3007: Problem in Mapping Fragments starting at lines 3020, 4211: Non-Primary-Key column(s) [parentid] are being mapped in both fragments to different conceptual side properties — data inconsistency is possible because the corresponding conceptual side properties can be independently modified.

Вам и говорят — колонка parentid отмаплена дважды, скорее всего один раз — на аналогичное скалярное свойство, второй раз — на навигационное. Что часто бывает, когда, например, в базе нет FK, и ассоциацию добавляют руками.