Конечно, оставлять. Например, если убивать нули, такая строка e1adc3 может быть понята, как e1 ad c3 или как e1 0a 0d c3 и еще кучей способов. Если каждый байт записывается в виде ровно двух символов, такой неопределенности не возникает. Как вариант можно писать хеш в файл в бинарном виде.