K_R>Но дерево имеет 3 уровня соответственно может быть 3 фильтра. и два из них динамические (они либо есть либо их нету.)

K_R>переписывать всякий раз .CommandText — как то нехорошо. хранить 3 значения — тоже громозко.
K_R>Может есть какой другой вариает...

Думаю, что-то вроде

...WHERE (@FILTER is NULL OR FCOLUMN=@FILTER) AND (...)

И соответственно значения параметров ставить или DbNull.Value или реальное значение.

Во всяком случае при написании хранимых процедур, которые могут использовать не все параметры — делается именно так.