Dog>Вобщето ComponentTray создаётся автоматически. Вы подписали ваш RootComponent дизайнером ?
[Designer(typeof(DocumentDesigner), typeof(IRootDesigner))]
// ваш RootComponent
public class DesignerRoot : UserControl
Я, честно говоря, не так глубоко "в теме"

Скорее всего не подписан. Вот как у меня делается:
form = (Form)host.CreateComponent(typeof(Form));
rootDesigner = (IRootDesigner)host.GetDesigner(form);
view = (Control)rootDesigner.GetView(ViewTechnology.Default);
view.Dock = DockStyle.Fill;
pnlViewHost.Controls.Add(view);
Надо подписать вот этот rootDesigner? А почему тогда он работает без подписи? (правда, и без трэя

)