Здравствуйте, Павел_, Вы писали:

П_>Структура XML ложится в базу неоюходимая информация, есть куча побочной, которая редко используется. Парчится файлик что нужно для работы ложится в базу что не особо остается в файлике.
П_>Прирост постоянный за месяц на 20 тыс. Сейчас все хранится распределенно, трудночти с резервным копированием и котролем, цель вести централизованно.

Кладите в базу. Для экономии места можно в zip-е.
Я так понимаю, в базе у вас уже версионность есть, для того, что туда ложится. Так что не нужно ее изобретать отдельно для файлов. А если нет, значит так и так делать :)

Раз доступ к этим файликам нечастый, можно даже все версии одного файла объединять в теге-контейнере, все вместе зиповать и так компактно хранить.