Я думаю, что при компиляции всегда будут включаются ВСЕ описанные мной функции(не включение их будет недостатком линковщика), а уж использовать я их могу по своему желанию. Хотя, можно было-бы сделать фильтр(по желанию) на исключение функций, если нигде не упоминается ее имя. В классах тоже можно просчитать полиморфизм(virtual и достп к функциям), а не однозначность вызова C++ не допускает.
По поводу распихивания функций по CPP — это очень сложно, надо исключать не нужные файлы из проекта. Значит один выход — препроцессор.
