Здравствуйте, nen777w, Вы писали:

N>-prefix %CD%\qtbase

Погоди, что-то ты делаешь не так. Ключ "-prefix" указывает целевую директорию установки, а тут получается та же, где и сырцы. Так делать не надо. Можно, к примеру, следующим образом. В "c:\qt" есть поддиректория "src", где лежат сырцы, и "shared", куда в итоге установится скомпиленное.

И вообще, нужно создать батник в котором обязательно будет CALL "c:\бла-бла-путь-к-компилятору\vcvarsall.bat" amd64 (через пробел опция выбора битности и проца). Это и есть переменные окружения Студии. Без этого не сработает. Можно, конечно, все самому прописать в системе намертво, но ну его на фиг.

Далее уже в том же батнике (не выходя из переменных окружения, то есть) вызываешь configure, в prefix которого пишешь путь к целевой директории, затем jom (или nmake, если есть желание ждать пока скомпилится на одном ядре) и jom install. Если что-то пошло не так, то jom confclean и jom distclean (опять же в батнике с вызовом переменных окружения). Или можно просто удалить содержимое директории install — этим хороша инсталляция в другую директорию, весь мусор точно уберется.

Полезные ссылки по сборке с нуля:

http://doc.qt.io/qt-5/build-sources.html
http://doc.qt.io/qt-5/windows-building.html
http://doc.qt.io/qt-5/windows-requirements.html