Здравствуйте, Signed, Вы писали:

S>Это помогло решить проблему с различными js алертами, и "плохими сертификатами" — однако вышеописанное сообщение всёравно вылетает. Подскажите пожалуйста как его выцепить, спасибо

С целью автоматизировать всё и вся (шутка, на самом деле — автоматизирую сборку и тестирование приложений), написал много всякого.
В том числе и ClickTheWindow.exe

C:\Utils>ClickTheWindow.exe
C(nepto) GF 2009

Usage:
ClickTheWindow <windowTitle> <buttonCaption>
 - click the button:
   find the window with the Title,
   find its child window with the Caption text and click on it;
ClickTheWindow <windowTitle>
 - find the window with the Title and close it.

Вот так захлопывается то самое окно:

C:\Utils>ClickTheWindow.exe "Security Alert" OK

Таким же приёмом можно победить и Вашу проблему.

Удачи.