V>>>Хочется некую структуру таких строк — s(1..50000). На вход подается sN и нужно быстро найти все строки с максимальным заданным расстоянием d.
_>>Длинна строк какая? 10бит сотни бит или гигабиты и больше?
V>Тысячи. Пока точно не понятно, но давайте, для конкретики, возьмем 1024 бита.
1. распаралелить полный перебор
2. разбить на кластеры и всякие деревья для ускорения поиска ближайшего соседа