Если кто еще не знает, в VS .NET, не знаю в каком(у меня 2003), в меню File появился пункт "Advanced Save Options", в нем можно выбрать кодировку, в которой сохраняется исходник, что и есть решение всей проблемы. В выбранной кодировке сохраняются все файлы проекта.