Здравствуйте Михаил, Вы писали:

М>Как написать программу, которая
М>закрывает доступ к определенным файлам
М>или, что еще лучще,целым директориям
М>все это под fat32,win98
М>кол-во файлов может быть очень
М>большим, от 100 до 1000 штук

можно их открыть без SHARE_READ/WRITE и лучше что-б их открывал не USER-LEVEL процесс , а то его убить можно,
а какойто драйвер. а управлятся он будет из USER-LEVEL процесса.