Решилось довольно просто:
1. Нахожу PID характерного процесса (explorer.exe)
2. OpenProcess(...) -> OpenProcessToken(...) ->GetProcessToken(...) ->GetTokenInformation(..., TokenUser, ...)
3. Получил строку SID с помощью ConvertSidToStringSidA(...)

Когда вход в систему не выполнен, приложение explorer.exe не запущено со всеми вытекающими последствиями

Спасибо всем за ответы