A>У меня такое ощущение, что проблема в том, что файлы, на которых происходят ошибки, открываются и удерживаются более крутыми пользователями нежели admin.

AFAIK, для se_backup_privilege это не важно. Либо эта привилегия есть, либо нет. Правда есть ещё такая штука как Protected Process “Light” (PPL). См. ссылку на тему ниже.

A>Например, файл %ProgramData%\Microsoft\Windows Defender\Scans\MpDiag.bin относится к Windows Defender, и его я не могу скопировать (у меня нет задачи копировать именно его, просто пример).

см. Не получается переименовать файл в %PF%\WindowsApp
Там несколько моих комментов.