Привет,
Есть известные способы, которые позволяют загружать dll из памяти, а не с диска, например:
https://github.com/fancycode/MemoryModule
Вместо LoadLibrary используется:

HMEMORYMODULE MemoryLoadLibrary(const void *, size_t);

Вместо GetProcAddress:

FARPROC MemoryGetProcAddress(HMEMORYMODULE, LPCSTR);

Обычные функции работы с ресурсами естественно не работают, поэтому например, вместо FindResource:

HMEMORYRSRC MemoryFindResource(HMEMORYMODULE, LPCTSTR, LPCTSTR);

и тд.
Если мы напрямую работаем с ресурсами, то всё OK, но если dll например отображает диалоговое окна:

HWND CreateDialog(HINSTANCE hInstance,
    LPCTSTR lpTemplate,
    HWND hWndParent,
    DLGPROC lpDialogFunc
);

то всё это уже не работает.
Что тут можно сделать? Ставить хуки на API работы с ресурсами, насколько это будет стабилно.
Интересно ещё то, что например, некоторые протекторы позволяют упаковывать dll в исполняемый файл. У них такие же ограничения?