Здравствуйте nick_serg, Вы писали:

NS>Я читаю из COM порта по таймеру,
NS>но при остановке вылетает критическая ошибка.
NS>Я останавливаю сначала таймер, затем закрываю порт.
NS>Ошибка вылетает вне моей программы, где-то в системной DLL.
NS>(Если порт не закрывать, то этой ошибки нет)

Может ты в какомнибудь деструкторе или в функции деинициализации обращаешься к порту после его закрытия.
Проверь.
Удачи.