Здравствуйте, Аноним, Вы писали:

А>Здравствуйте!

А>Каким образом можно получить хендл окна, которое находится поверх всех других, но при этом не активно?

Может, что-то типа этого:

HWND hForeground = GetForegroundWindow();
HWND hNotActive = GetNextWindow(hForeground,GW_HWNDPREV);

Если я правильно понял вопрос, то окно, которое поверх всех других, но неактивно — это окно, находящееся сразу за окном, которое поверх всех других.