Здравствуйте, niXman, Вы писали:

X>1. программы обязательно должны устанавливаться в "Program Files"/"Program Files (x86)" ?
X>если нет — то куда, и в каких случаях, и почему?

Некоторые приложения, например Chrome, ставятся в %APPDATA%, чтобы их мог ставить не-администратор.
Но обычно установка программы требует администратора.

Вообще программы обычно спрашивают куда, хотя часто эту опцию не выставляют до нажатия какого-нить "advanced". Program Files — просто значение по умолчанию.

X>2. чтоб создать ярлык(который будет отображаться в меню "Пуск"), я должен в директории c:\Users\<user>\AppData\Roaming\Microsoft\Windows\Start Menu\Programs создать директорию(кстати, это настоящая директория, или виртуальная? как ее создать?), в которой создать нужные ярлыки при помощи такого кода?

Да, просто создавать директорию и ярлыки.
Ну или даже просто один ярлык без директории, сейчас так моднее.

Директории узнаются через SHGetKnownFolderPath или SHGetFolderPath.