В целях обратной совместимости дескрипторы окон всегда занимают 32 бита.
Поэтому их можно спокойно использовать независимо от битности создавшего их процесса.
https://msdn.microsoft.com/en-us/library/windows/desktop/aa384203%28v=vs.85%29.aspx

Другой вопрос, делает ли этот код то, что вам надо.
Хитрые заманухи с владением / родительством окон могут приводить к неожиданным побочным эффектам.
Кроме того, ваш код будет размещать ваше окно поверх родительского окна целевого приложения.
Если оно вдруг наплодит еще дочерних окон или как-то их отсортирует, то ваше окно может все равно оказаться перекрыто.